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Trikinetics--果蝇节律实验
点击次数:122 文章来源:太阳集团app---发布时间:2019-08-20

实验步骤

1、准备待测果蝇:使用标准果蝇食物饲养雄性果蝇

2、准备监测管

3、装配果蝇:麻醉果蝇,移入管中,一管一只,将装入果蝇的监测管插入监测板中,并用通气塞封住非食物端。固定监测管。

4、将监测板放入培养箱中,并与数据收集系统相连

5、打开电脑设置参数,收集信息

结果与分析

1、收集并处理数据
 

  1. 监测结束后将所收集的数据复制到新文件夹中,然后将其导入DAMFileScan软件 中。
  2. 在DAMFileScan软件中转换数据格式:在“Bin Length”处设置数据间隔为
    30 min;在“Output File Type”处设置输出数据文件格式为“Channel Files”;在左侧“First Bin to Save”处设置数据开始日期,时间设置为“00:30:00”;在右侧“Last Bin to Save”处设置数据结束日期,时间设置为最近的时间 (例如,下午三点收集数据,则时间设置为“15:00:00”);在“Extra Readings”处选择“Sum into Bin”;在“RunName”处为导出数据命名;最后点击“Save”保存即可。

2、分析节律
节律分析使用ClockLab软件 (Actimetrics,版本:2.72),以30 min为间隔计算周期 (图2)。
 

  1. 通过MATLAB打开ClockLab,打开“MATLAB”输入“CL”后点击回车。
  2. 点击界面左上角“Open File”键,从转换格式后的文件中任选一个。
  3. 在右下方面板中的“Block Size”处选择数据间隔为30 min,“Start/End Hour”处均选为0。
  4. 设置节律性分析的参数
  5. 点击界面右上方“Preferences”键,然后在弹出界面中“Periodogram”下方“Confidence”处设置置信水平为0.01,在“Range”处设置周期时长范围 (低限为17 h,高限为40 h),然后关闭该界面。
  6. 选择数据分析日期
    在主界面中“Start/End Dates”处设置开始日期为DD第1天的日期,结束日期为收集数据的日期。
  7. 节律性分析
  8. 点击主界面左下角“Batch Analysis”键,在弹出界面中选中需要分析的数据;在右边面板中确认并勾选相关参数:“P’gram peak1” (卡方周期图分析,日期设为全部持续黑暗时间段),“Avg Counts” (平均活动量,日期设为持续黑暗最后一天) 等,点击“Go”开始分析。
  9. 节律分析结果说明
    分析结束后结果生成“BatchAnal”文件,使用Excel打开。其中主要参数有以下几项:

    1)“Tau”:通过卡方周期图计算出17-40 h之间节律性强时对应的周期时长,即果蝇活动周期。

    2)“power”:该果蝇活动周期所对应的节律性大小。

    3)“Significance”:置信水平为0.01且周期在17-40h之间时该果蝇节律性背景值。

  10. 排除死果蝇
    分析每只果蝇DD最后一天的活动,将活动量为0的果蝇删除。
  11. 整理分析结果
    通过“power”与“significance”相减可计算得到“p-s” (表示果蝇节律强弱),若“p-s”小于10则认为该果蝇没有节律,计算平均周期时将该果蝇排除 (计算节律强度平均值时需保留)。最终得到每种基因型果蝇以下参数:
  12. 果蝇数目“N”;

    2)有节律的果蝇占存活果蝇百分比“rhythmic”;

    3)果蝇节律性强弱“p-s”;

    4)果蝇平均周期长度“Tau”。

生命科学与技术学院, 华中科技大学, 武汉, 湖北 张珞颖

 

 

 

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